องค์การจัดการน้ำเสีย มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดระบบบำบัดน้ำเสียรวม ในเขตพื้นที่จัดการน้ำเสียตามพระราชกฤษฎีกา และที่ประกาศเพิ่มเติม
ต่อมาในปี พ.ศ. 2554 องค์การจัดการน้ำเสีย ได้เริ่มต้นการให้บริการเชิงพาณิชย์เพื่อหารายได้เข้าสู่องค์กร ควบคู่กับการให้บริการเชิงสังคม เพื่อลดภาระด้านงบประมาณสนับสนุนจากภาครัฐ